Für die Förderung stehen im Innovationsfonds für die Jahre 2016 bis 2019 jeweils 300 Millionen Euro, sowie für die Jahre 2020 bis 2024 jeweils 200 Millionen Euro zur Verfügung. Die Kosten werden zur Hälfte von den gesetzlichen Krankenkassen getragen, die andere Hälfte wird aus der Liquiditätsreserve des Gesundheitsfonds finanziert. Die Förderung entfällt seit 2020 zu 20 Prozent auf die Versorgungsforschung und zu 80 Prozent auf neue Versorgungsformen.
Die Mittel des Innovationsfonds werden vom Bundesamt für Soziale Sicherung (BAS) verwaltet. Die Entscheidungen über Förderanträge und förderwürdige Projekte werden von einem Innovationsausschuss getroffen, der unter dem Dach des Gemeinsamen Bundesausschusses (G-BA) eingerichtet wurde. Dem Innovationsausschuss gehören Vertreter der gesetzlichen Krankenkassen, der Kassenärztlichen Bundesvereinigung, der Kassenzahnärztlichen Bundesvereinigung, der Deutschen Krankenhausgesellschaft, des Gemeinsamen Bundesausschusses, des Bundesministeriums für Gesundheit und des Bundesministeriums für Bildung und Forschung an. Vertreter der Patienten und der Selbsthilfe haben ein Mitberatungs- und Antragsrecht. Die Kriterien für eine Förderwürdigkeit sind gesetzlich geregelt. Grundsätzlich werden Projekte gefördert, die laut Gesetz „eine Verbesserung der sektorenübergreifenden Versorgung zum Ziel haben und hinreichendes Potential aufweisen, dauerhaft in die Versorgung aufgenommen zu werden" (VSG § 92a Abs. 1). Voraussetzung ist außerdem eine wissenschaftliche Begleitung und Auswertung der Projekte.